موزه دانشگاه خوارزمی، به عنوان نهادی دانشگاهی با سابقه فرهنگی و آموزشی بیش از ۱۰۰ سال، بر اساس خواست جامعه علمی این دانشگاه و منطبق با مجموعه اسناد بالادستی، به منظور همکاری در تحقق اهداف عالی دانشگاه خوارزمی در سال ۱۴۰۱ تاسیس شد.
موزه دانشگاه خوارزمی روایتگر یک سده از تاریخ آموزش عالی ایران است؛ با نمایش لباس‌ها و گردآوری اشیاء، تصاویر و خاطرات شفاهی و اسنادی که راوی اصلی قصه فراز و فرود آموزش عالی در جامعه ایرانی است از دارالمعلمین مرکزی تا دانشگاه خوارزمی. جان‌های عزیزی که روزگاری در ساختمان میراثی دانشگاه درس داده‌اند، مفاخری چون دکترمحمدباقر هوشیار، محمد‌ معین، اسدا ا... بیژن، پرفسور مصاحب، عیسی صدیق و نام‌آوران دیگری که آغازگر رشته‌های نوین علوم دانشگاهی در ایران بودند. میراث اصلی موزه دانشگاه نه اشیا و نه اسناد و عکس‌ها و نه حتی ساختمان تاریخی آن که نام‌های عزیزی است که دلبسته دانش و آموزش بودند. میراثی که امروز متعلق به همه جامعه ایرانی است.

این واحد به گردآوری و مجموعه سازی در زمینه آثار و اسناد مربوط به فعالیت دانشگاه خوارزمی پرداخته، ضمن ساماندهی اسناد و آثار، ظرفیت دسترسی، مطالعه و بهره گیری و پژوهش برای علاقه مندان و پژوهشگران نظام آموزشی را فراهم کرده و امکان نمایش منتخب آن‌ها را در اشکال نمایشگاه دائمی، موقت و مجازی را پدید می‌آورد و در راستای اهداف دانشگاه خوارزمی، تقویت تعلق دانشجویان، استادان و سایر ذینفعان و تقویت هویت دانشگاه فعالیت می کند.
موزه دانشگاه خوارزمی می‌کوشد استانداردترین و پویاترین موزه در نظام موزه‌های دانشگاهی کشور متناسب با پیشینه طولانی و تاثیرگذار این دانشگاه بوده و در راستای تحقق چشم‌انداز دانشگاه در ارائه الگوی دانشگاهی برای تولید، اشاعه دانش و ارائه خدمات برای توسعه کشور فعالیت نماید.