نظام رتبه‌بندی مرکز مطالعات علوم و فناوری لایدن از سال ۲۰۰۷ به صورت سالانه، دانشگاه‌ها را براساس تاثیر علمی و همکاری های علمی و با استفاده از هشت شاخص علم سنجی ارزیابی و رتبه‌بندی و ۷۵۰ دانشگاه برتر جهان را معرفی می‌نماید. این نظام برای گردآوری داده‌های مورد نیاز پایگاه استنادی وب‌علوم را مورد استفاده قرار می‌دهد. شاخص‌های مورد استفاده در این نظام رتبه‌بندی به شرح زیر است:

تاثیر علمی:
تعداد و نسبت تولیدات علمی دانشگاه که جزو ۱درصد بالای تولیدات علمی پراستناد هستند.
تعداد و نسبت تولیدات علمی دانشگاه که جزو ۱۰درصد بالای تولیدات علمی پراستناد هستند.
تعداد و نسبت تولیدات علمی دانشگاه که جزو ۵۰ درصد بالای تولیدات علمی پراستناد هستند.
مجموع استنادهای دریافتی تولیدات علمی دانشگاه و میانگین استنادات دریافتی
مجموع استنادهای دریافتی تولیدات علمی دانشگاه و میانگین استنادات دریافتی نرمال شده براساس حوزه موضوعی وسال

همکاری علمی:
تعداد و نسبت همکاری علمی یک دانشگاه با یک یا چند دانشگاه دیگر
تعداد و نسبت همکاری علمی یک دانشگاه با یک یا چند کشور دیگر
تعداد و نسبت همکاری علمی یک دانشگاه با یک یا چند سازمان صنعتی دیگر
تعداد و نسبت همکاری علمی یک دانشگاه با موسسه های تا شعاع فاصله کمتر از ۱۰۰ کیلومتری
تعداد و نسبت همکاری علمی یک دانشگاه با موسسه های تا شعاع فاصله بیشتر از ۵۰۰ کیلومتری