نظام رتبه بندی دانشگاه های جهان اسلام سالانه دانشگاه جهان اسلام را با استفاده از پنج معیار پژوهشی، آموزشی، وجهه بین‌المللی، امکانات و فعالیت‌های اجتماعی- اقتصادی ارزیابی و رتبه بندی می‌نماید. شاخص‌های مورد استفاده در این نظام عبارتند از:

پژوهشی:
کیفیت پژوهش: این شاخص برای ارزیابی کیفیت پژوهش‌های صورت گرفته مورد استفاده قرار گرفته و از تقسیم استنادات دریافتی مقالات تولید شده توسط دانشگاه در یک بازه زمانی مشخص بر کل مقالات تولید شده دریک بازه زمانی معین به دست می آید (وزن ۱۵ درصد).
کارایی پژوهش: این شاخص برای ارزیابی کارایی پژوهشی اعضای هیئت علمی دانشگاه است و از طریق تقسیم تعداد مقالات تولید شده در بازه زمانی معین بر تعداد اعضای هیئت علمی به دست‌ می‌آید (وزن ۱۵ درصد).
حجم پژوهش: تعداد مقالات تولید شده توسط اعضای هیئت علمی دانشگاه(وزن۸ درصد).
نرخ رشد کیفی پژوهش: این شاخص میزان پیشرفت کیفیت پژوهش‌های انجام شده توسط دانشگاه را مورد بررسی قرار می‌دهد(وزن ۵).
نرخ رشد کارایی پژوهش: این شاخص برای بررسی میزان پیشرفت کارایی پژوهشی اعضای هیئت علمی در یک بازه زمانی ۳ ساله استفاده می‌شود (وزن ۵).
جوایز: تعداد جوایزی که توسط دانشگاه مربوطه کسب شده است(وزن ۲).

آموزشی:
اعضای هیئت علمی دارای جایزه: تعداد جوایزی که توسط اعضای هیئت علمی دانشگاه کسب شده است (وزن ۶)
اساتید پراستناد: تعداد اعضای هیئت علمی دانشگاه که براساس استناداردهایISI وOIC در میان نویسندگان پراستناد قرار دارند(وزن ۸).
نسبت اعضای هیئت علمی دارای دکترا به کل اعضای هیئت علمی(وزن ۴)
فارغ‌التحصیلان دارای جایزه: تعداد جوایزی که توسط فارغ‌التحصیلان دانشگاه کسب شده است (وزن ۳)
فارغ التحصیلان پراستناد: تعداد فارغ التحصیلان دانشگاه که براساس استناداردهایISI وOIC در میان نویسندگان پراستناد قرار دارند (وزن ۳)
نسبت اعضای هیئت علمی به دانشجو(وزن ۳)
نسبت دانشجویان تحصیلات تکمیلی به کل دانشجویان(وزن ۳)
نرخ رشد دانشجویان تحصیلات تکمیلی: جهت بررسی تلاش دانشگاه در جهت جذب دانشجویان تحصیلات تکمیلی است(وزن ۳).
دانشجویان دارای جایزه در المپیادهای بین‌المللی(وزن ۳)

وجهه بین‌المللی:
نسبت اعضای هیئت علمی بین‌المللی به کل اعضای هیئت علمی (وزن ۲)
نسبت دانشجویان بین‌المللی به کل دانشجویان (وزن ۱)
نسبت اعضای هیات علمی داخلی دارای مدرک دکترا از خارج از کشور به کل اعضای هیات علمی داخلی دارای مدرک دکترا (وزن ۵/۱)
کارگاه‌ها وکنفرانس‌های بین المللی: تعداد کنفرانس‌ها و کارگاه‌های است که توسط دانشگاه سازماندهی و برگزار می شود و حداقل ۵ شرکت‌کننده از دانشگاه‌های خارج از کشور در ان حضور دارند (وزن ۵/۱).
همکاری‌های بین المللی (وزن ۱)

امکانات:
تعداد عناوین کتاب به ازای هر دانشجو(وزن ۱)
تعداد مجلات و نشریات دوره‌ای(وزن ۱)
تعداد موسسه‌ها و مراکز تحقیقاتی(وزن ۱)

فعالیت‌های اجتماعی- اقتصادی:
درآمد قرارداد‌ها و مشاوره‌ها:از تقسیم میانگین درآمد حاصل از قراردادها و مشاوره‌‌ها به میانگین کل بودجه دانشگاه به دست می‌آید(وزن ۵/۲).
دوره‌های بازآموزی: تعداد دوره‌های آموزشی حضوری یا مجازی در دانشگاه(وزن ۱)
برنامه‌های کارآفرینی و ارتباط با صنعت: این شاخص دوره‌های کارآفرینی دانشگاه را مورد بررسی قرار می‌دهد. ازتقسیم تعداد دانشجویانی که در این دوره‌ها شرکت کرده‌اند برمیانگین کل دانشجویان در سال تحصیلی به دست می‌آید(وزن ۱).
تعداد مراکز رشد(وزن ۵/۰)